הפלי"ם הוקם באפריל 1945. באותה עת קרבה מלחמת העולם השניה לקיצה. אפשרויות המאבק נראו מוחשיות יותר ונדרשה הרחבה של 'המחלקה הימית' והתאמתה למילוי התפקידים הצבאיים בתחום ההעפלה. עם המתנדבים ליחידה המתגבשת נמנו בחורים מהימאות האזרחית לכל סוגיה, חניכי הפעילות הימית של תנועות הנוער, חברי אגודות הספורט (במיוחד 'הפועל תל-אביב' ו'זבולון') והגדנ"ע, בוגרי בית-הספר הימי, מגוייסי הצי הבריטי בימי מלחמת העולם, וגם כאלה שלא הכירו את הים קודם לכן.
במסגרת האימון הבסיסי עברו כל אנשי הפלי"ם קורס למפקדי סירות, שנמשך כ- 3 חודשים בקיבוץ שדות-ים. אנשי היחידה התחשלו בעבודות ים, ונדרשו למאמצים גופניים ונפשיים גדולים. האימונים כללו הכרת הים, נהיגת כלי שייט קטנים, ניווט חופי, מטאורולוגיה, תחזוקת משק-ימי, וכן הפלגות רבות לשם הכרת החופים, תנאי הים ומזג האוויר האופייניים לחופי הארץ. האימון המתקדם היה קורס החובלים (קציני-ים), שנמשך כ- 5 חודשים, אליו התקבלו חלק מבוגרי קורס הסירות. במהלכו נערכו השתלמויות מעשיות לתקופות קצרות על ספינות דיג או בספינות לימודים. בקורס הורו מורי בית-הספר הימי והמקצועי שליד הטכניון בחיפה. נוסף על הלימודים הימיים דנו בקורסים בבעיות ההעפלה ואירגונה.